Pengertian Eksonuklease

Eksonuklease adalah enzim nuklease yang membelah nukleotida dari ujungnya. Mereka menghidrolisis ikatan fosfodiester yang ada pada ujung 3 ‘atau 5’ rantai polinukleotida. Tulisan ini membahas persamaan dan perbedaan antara endonukleas dan eksonuklease dengan tabel perbandingan.

Eksonuklease adalah enzim yang bekerja dengan membelah nukleotida satu per satu dari ujung (ekso) rantai polinukleotida. Reaksi hidrolisis yang memutus ikatan fosfodiester terjadi pada ujung 3 ‘atau 5’. Kerabat dekatnya adalah endonuklease, yang memotong ikatan fosfodiester di tengah (endo) rantai polinukleotida.

Eksonuklease adalah kelas luas enzim yang membelah nukleotida satu per satu dari ujung rantai DNA dan RNA 3 atau 5. Aktivitas ini kontras dengan endonuklease, yang menghidrolisis ikatan fosfodiester internal.

Fungsi biologis eksonuklease termasuk degradasi dan pergantian RNA, proofreading DNA, dan regulasi transkripsi. Dalam biologi molekuler, eksonuklease komersial tersedia untuk berbagai aplikasi: Eksonuklease I dapat digunakan untuk mendegradasi kelebihan primer single-stranded dari campuran yang mengandung produk double stranded. Eksonuklease III dapat digunakan untuk penghapusan bersarang satu arah dan mutagenesis diarahkan-situs. Eksonuklease Lambda dapat digunakan untuk menghilangkan nukleotida tunggal dari ujung 5 ‘dalam duplex DNA.

Peran

RNA polimerase II diketahui berlaku selama terminasi transkripsional; ia bekerja dengan 5 ‘ eksonuklease (gen manusia Xrn2) untuk mendegradasi transkrip yang baru terbentuk di bagian hilir, meninggalkan situs polyadenylation dan secara bersamaan menembakkan polimerase. Proses ini melibatkan pengejaran eksonuklease ke pol II dan mengakhiri transkripsi.

Pol I kemudian mensintesis nukleotida DNA sebagai pengganti primer RNA yang baru saja dikeluarkan. DNA polimerase I juga memiliki aktivitas eksonuklease 3 ‘sampai 5’ dan 5 ‘sampai 3’, yang digunakan dalam mengedit dan mengoreksi DNA untuk kesalahan. 3 ‘hingga 5’ hanya dapat menghilangkan satu mononukleotida pada satu waktu, dan aktivitas 5 ‘hingga 3’ dapat menghilangkan mononukleotida atau hingga 10 nukleotida pada suatu waktu.

Penemuan pada manusia

Endonuklease tipe manusia 3 ‘hingga 5’ diketahui sangat penting untuk pemrosesan histon pra-mRNA yang tepat, di mana U7 snRNP mengarahkan proses pembelahan tunggal. Setelah penghapusan produk pembelahan hilir (DCP) Xrn1 terus memecah produk lebih lanjut sampai benar-benar terdegradasi. Ini memungkinkan nukleotida didaur ulang. Xrn1 dikaitkan dengan aktivitas co-transcriptional cleavage (CoTC) yang bertindak sebagai prekursor untuk mengembangkan ujung tanpa perlindungan 5 ‘yang bebas, sehingga eksonuklease dapat menghapus dan menurunkan produk pembelahan hilir (DCP). Ini memulai pemutusan transkripsional karena seseorang tidak ingin untai DNA atau RNA menumpuk di tubuh mereka.

Penemuan dalam ragi

CCR4-NOT adalah kompleks regulasi transkripsi umum dalam ragi yang ditemukan terkait dengan metabolisme mRNA, inisiasi transkripsi, dan degradasi mRNA. CCR4 telah ditemukan mengandung RNA dan aktivitas eksonuklease tunggal DNA 3 ‘hingga 5’. Komponen lain yang terkait dengan kompleks CCR4 adalah protein CAF1, yang telah ditemukan mengandung domain eksonuklease 3 ‘sampai 5’ atau 5 ‘hingga 3’ pada tikus dan elegans Caenorhabditis. Protein ini belum ditemukan dalam ragi, yang menunjukkan bahwa ia kemungkinan memiliki domain eksonuklease abnormal seperti yang terlihat pada metazoan. Ragi mengandung eksonuklease Rat1 dan Xrn1. Rat1 bekerja seperti halnya tipe manusia (Xrn2) dan fungsi Xrn1 dalam sitoplasma berada pada arah 5 ‘ke 3’ untuk mendegradasi RNA (pra-5.8s dan 25s rRNAs) tanpa adanya Rat1.

Comments

No comments yet. Why don’t you start the discussion?

Tinggalkan Balasan

Alamat email Anda tidak akan dipublikasikan. Ruas yang wajib ditandai *