Cara Menginstal tracetuner di Debian 11

Cara Menginstal tracetuner di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal tracetuner pada Debian 11. tracetuner adalah interpretasi data sequencing DNA Sanger

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal tracetuner di Debian 11.

Apa itu tracetuner?

Tracetuner adalah alat untuk panggilan dasar dan kualitas file jejak dari instrumen sekuensing DNA. Pengurutan DNA tradisional menghasilkan kurva dari empat saluran atau frekuensi cahaya yang berbeda yang ditafsirkan oleh manusia atau (lebih disukai) engine untuk menentukan basa aktual (A,C,G atau T) dan keyakinan yang digunakan untuk menentukannya. TraceTuner adalah nilai kualitas pengurutan DNA, panggilan dasar, dan aplikasi perangkat lunak pemrosesan jejak yang awalnya dikembangkan oleh Paracel, Inc. Sambil menyediakan interface yang fleksibel dan kemampuan untuk mengadopsi panggilan dasar “murni” yang dihasilkan oleh Phred, KB atau pemanggil “asli” lainnya, ia menawarkan fitur kompetitif yang saat ini tidak tersedia di alat lain, seperti kalibrasi nilai kualitas yang disesuaikan, heterozigot tingkat lanjut dan panggilan basa campuran dan dekonvolusi elektroferogram “campuran” yang dihasilkan dari keberadaan indel menjadi beberapa elektroferogram “murni”. Versi selanjutnya Versi TraceTuner sebelumnya digunakan oleh Celera Genomics untuk memproses lebih dari 27 juta pembacaan dari proyek Drosophila dan genom manusia. Pada tahun 2000, Applied Biosystems menggabungkan TraceTuner dengan ABI3700 Genome Analyzer dan mengirimkannya ke pelanggan pengurutan elektroforesis kapiler ini. Deteksi SNP dan produk perangkat lunak genotipe SeqScape. TraceTuner menerapkan teknologi pemrosesan puncak yang canggih untuk menyelesaikan puncak yang tumpang tindih dengan warna pewarna yang sama menjadi puncak individu, atau puncak “intrinsik”. TraceTuner, atas dukungannya terhadap panggilan campuran dasar, telah digunakan oleh komunitas riset, sektor biotek swasta, dan pemerintah AS sebagai komponen aplikasi perangkat lunak pendeteksi varian, genotipe, dan forensik yang berbeda (misalnya Applied Biosystems SeqScape, Paracel Genome Assembler, MTexpert, dll.). Teknologi ini dilindungi oleh US Patent #6.681.186. Saat ini, TraceTuner adalah perangkat lunak open source, yang telah digunakan oleh pipa Sequencing dan Resequencing DNA J. Craig Venter Institute. Paket ini menyiapkan bagian penting dari sejarah manusia untuk digunakan dengan data baru pada engine baru atau untuk meninjau kembali pengamatan lama.

Ada tiga cara untuk menginstal tracetuner di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal tracetuner Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal tracetuner menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install tracetuner

Instal tracetuner Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal tracetuner menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install tracetuner

Instal tracetuner Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal tracetuner menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install tracetuner

Cara Menghapus Tracetuner di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket tracetuner kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove tracetuner

Copot pemasangan tracetuner Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall tracetuner dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove tracetuner

Hapus Konfigurasi dan Data tracetuner

Untuk menghapus konfigurasi dan data tracetuner dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge tracetuner

Hapus konfigurasi tracetuner, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi tracetuner, data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge tracetuner

Referensi

  • situs tracetuner

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal tracetuner di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.