Cara Menginstal trace2dbest di Debian 11

Cara Menginstal trace2dbest di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal trace2dbest di Debian 11. trace2dbest adalah pengiriman massal data kromatogram ke dbEST

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal trace2dbest di Debian 11.

Apa itu trace2dbest?

EST adalah urutan pendek yang berasal dari RNA yang ditranskripsi balik. Kelimpahannya menghasilkan wawasan dalam ekspresi gen di seluruh jaringan, mendukung penemuan gen baru dan memungkinkan seseorang untuk menilai cakupan proyek sekuensing genom keseluruhan. Database publik seperti dbEST di NCBI mengumpulkan data ini. trace2dbEST memproses file jejak kromatografi sekuens mentah dari proyek EST ke dalam urutan yang diperiksa kualitasnya, siap untuk dikirim ke dbEST. trace2dbEST memandu Anda melalui pembuatan semua file yang diperlukan untuk pengiriman EST ke dbEST. trace2dbest menggunakan perangkat lunak lain (tersedia gratis di bawah lisensi akademik) yang perlu Anda instal, yaitu phred, cross_match dan (opsional) BLAST.

Ada tiga cara untuk menginstal trace2dbest di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal trace2dbest Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal trace2dbest menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install trace2dbest

Instal trace2dbest Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal trace2dbest menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install trace2dbest

Instal trace2dbest Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal trace2dbest menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install trace2dbest

Cara Menghapus Trace2dbest di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket trace2dbest kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove trace2dbest

Copot pemasangan trace2dbest Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall trace2dbest dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove trace2dbest

Hapus Konfigurasi dan Data trace2dbest

Untuk menghapus konfigurasi dan data trace2dbest dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge trace2dbest

Hapus konfigurasi trace2dbest, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi trace2dbest, data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge trace2dbest

Referensi

  • situs web trace2dbest

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal trace2dbest di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.