Cara Menginstal samtools di Debian 11

Cara Menginstal samtools di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11. samtools memproses perataan urutan dalam format SAM, BAM dan CRAM

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11.

Apa itu samtools?

Samtools adalah seperangkat utilitas yang memanipulasi keselarasan urutan nukleotida dalam format BAM biner. Ini mengimpor dari dan mengekspor ke format ascii SAM (Sequence Alignment/Map) dan CRAM, melakukan penyortiran, penggabungan, dan pengindeksan, dan memungkinkan seseorang untuk mengambil bacaan di wilayah mana pun dengan cepat. Ini dirancang untuk bekerja pada aliran, dan mampu membuka file BAM atau CRAM (bukan SAM) pada server FTP atau HTTP jarak jauh.

Ada tiga cara untuk menginstal samtools di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal samtools Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install samtools

Instal samtools Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install samtools

Instal samtools Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install samtools

Cara Menghapus samtools di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket samtools kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove samtools

Copot pemasangan samtools Dan Dependensinya

Untuk uninstall samtools dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove samtools

Hapus Konfigurasi dan Data samtools

Untuk menghapus konfigurasi dan data samtools dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge samtools

Hapus konfigurasi samtools, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi samtools , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge samtools

Referensi

  • situs web samtools

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.