Cara Menginstal samtools di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11. samtools memproses perataan urutan dalam format SAM, BAM dan CRAM
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11.
Apa itu samtools?
Samtools adalah seperangkat utilitas yang memanipulasi keselarasan urutan nukleotida dalam format BAM biner. Ini mengimpor dari dan mengekspor ke format ascii SAM (Sequence Alignment/Map) dan CRAM, melakukan penyortiran, penggabungan, dan pengindeksan, dan memungkinkan seseorang untuk mengambil bacaan di wilayah mana pun dengan cepat. Ini dirancang untuk bekerja pada aliran, dan mampu membuka file BAM atau CRAM (bukan SAM) pada server FTP atau HTTP jarak jauh.
Ada tiga cara untuk menginstal samtools di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal samtools Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install samtools
Instal samtools Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install samtools
Instal samtools Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal samtools menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install samtools
Cara Menghapus samtools di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket samtools kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove samtools
Copot pemasangan samtools Dan Dependensinya
Untuk uninstall samtools dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove samtools
Hapus Konfigurasi dan Data samtools
Untuk menghapus konfigurasi dan data samtools dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge samtools
Hapus konfigurasi samtools, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi samtools , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge samtools
Referensi
-
situs web samtools
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal samtools di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.
