Cara Menginstal pyvcf di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11. pyvcf adalah skrip pembantu untuk parser Variant Call Format (VCF)
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11.
Apa itu pyvcf
Variant Call Format (VCF) menentukan format file teks yang digunakan dalam bioinformatika untuk menyimpan variasi urutan gen. Format ini telah dikembangkan dengan munculnya proyek genotipe skala besar dan sekuensing DNA, seperti Proyek 1000 Genom. Maksud dari modul ini adalah untuk meniru modul csv di Python stdlib, sebagai lawan dari format serialisasi yang lebih fleksibel seperti JSON atau YAML. vcf akan mencoba mengurai konten setiap record berdasarkan tipe data yang ditentukan dalam baris meta-informasi – khususnya baris ##INFO dan ##FORMAT. Jika baris-baris ini tidak ada atau tidak lengkap, itu akan memeriksa jenis cadangan yang disebutkan dalam spesifikasi. Jika gagal, itu hanya akan mengembalikan string. Paket ini menyediakan skrip pembantu menggunakan python3-pyvcf.
Ada tiga cara untuk menginstal pyvcf di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal pyvcf Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install pyvcf
Instal pyvcf Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install pyvcf
Instal pyvcf Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install pyvcf
Cara Menghapus pyvcf di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket pyvcf kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove pyvcf
Copot pemasangan pyvcf Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall pyvcf dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove pyvcf
Hapus Konfigurasi dan Data pyvcf
Untuk menghapus konfigurasi dan data pyvcf dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge pyvcf
Hapus konfigurasi pyvcf, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi pyvcf , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge pyvcf
Referensi
-
situs web pyvcf
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.