Cara Menginstal pyvcf di Debian 11

Cara Menginstal pyvcf di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11. pyvcf adalah skrip pembantu untuk parser Variant Call Format (VCF)

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11.

Apa itu pyvcf

Variant Call Format (VCF) menentukan format file teks yang digunakan dalam bioinformatika untuk menyimpan variasi urutan gen. Format ini telah dikembangkan dengan munculnya proyek genotipe skala besar dan sekuensing DNA, seperti Proyek 1000 Genom. Maksud dari modul ini adalah untuk meniru modul csv di Python stdlib, sebagai lawan dari format serialisasi yang lebih fleksibel seperti JSON atau YAML. vcf akan mencoba mengurai konten setiap record berdasarkan tipe data yang ditentukan dalam baris meta-informasi – khususnya baris ##INFO dan ##FORMAT. Jika baris-baris ini tidak ada atau tidak lengkap, itu akan memeriksa jenis cadangan yang disebutkan dalam spesifikasi. Jika gagal, itu hanya akan mengembalikan string. Paket ini menyediakan skrip pembantu menggunakan python3-pyvcf.

Ada tiga cara untuk menginstal pyvcf di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal pyvcf Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install pyvcf

Instal pyvcf Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install pyvcf

Instal pyvcf Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pyvcf menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install pyvcf

Cara Menghapus pyvcf di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket pyvcf kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove pyvcf

Copot pemasangan pyvcf Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall pyvcf dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove pyvcf

Hapus Konfigurasi dan Data pyvcf

Untuk menghapus konfigurasi dan data pyvcf dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge pyvcf

Hapus konfigurasi pyvcf, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi pyvcf , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge pyvcf

Referensi

  • situs web pyvcf

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pyvcf di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.