Cara Menginstal porechop di Debian 11

Cara Menginstal porechop di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal porechop di Debian 11. porechop adalah pemangkas adaptor untuk bacaan Oxford Nanopore

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal porechop di Debian 11.

Apa itu porechop?

Porechop adalah alat untuk menemukan dan menghapus adaptor dari bacaan Oxford Nanopore. Adaptor di ujung bacaan dipangkas, dan ketika bacaan memiliki adaptor di tengahnya, itu diperlakukan sebagai chimeric dan dipotong menjadi bacaan terpisah. Porechop melakukan penyelarasan menyeluruh untuk menemukan adaptor secara efektif, bahkan pada identitas urutan rendah. Porechop juga mendukung demultiplexing pembacaan Nanopore yang diberi kode batang dengan Native Barcoding Kit, PCR Barcoding Kit, atau Rapid Barcoding Kit.

Ada tiga cara untuk menginstal porechop di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal porechop Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal porechop menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install porechop

Instal porechop Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal porechop menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install porechop

Instal porechop Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal porechop menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install porechop

Cara Uninstall porechop di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket porechop kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove porechop

Copot pemasangan porechop Dan Dependensinya

Untuk uninstall porechop dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove porechop

Hapus Konfigurasi dan Data porechop

Untuk menghapus konfigurasi dan data porechop dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge porechop

Hapus konfigurasi porechop, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi porechop , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge porechop

Referensi

  • situs porechop

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal porechop di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.