Cara Menginstal paleomix di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal paleomix di Debian 11. paleomix adalah pipeline dan tools untuk pengolahan data HTS kuno dan cararn
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal paleomix di Debian 11.
Apa itu paleomix?
Pipeline PALEOMIX adalah sekumpulan pipeline dan alat yang dirancang untuk membantu pemrosesan cepat data High-Throughput Sequencing (HTS): Pipa BAM memproses pembacaan de-multiplexed dari satu atau lebih sampel, melalui pemrosesan urutan dan penyelarasan, untuk menghasilkan penyelarasan BAM file yang berguna dalam analisis hilir; pipa Filogenetik melakukan inferensi genotipe dan filogenetik pada file penyelarasan BAM, baik yang diproduksi menggunakan pipa BAM atau dihasilkan di tempat lain; dan jalur pipa Zonkey melakukan serangkaian analisis pada penjajaran kuda dengan cakupan rendah, untuk mendeteksi keberadaan hibrida-F1 dalam kumpulan arkeologi. Selain itu, PALEOMIX membantu dalam analisis metagenomik dari ekstrak. Pipeline telah dirancang dengan mempertimbangkan DNA purba (aDNA), dan mencakup beberapa fitur yang sangat berguna untuk analisis sampel kuno, tetapi semuanya dapat digunakan untuk pemrosesan sampel cararn, guna memastikan pemrosesan data yang konsisten.
Ada tiga cara untuk menginstal paleomix di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal paleomix Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal paleomix menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install paleomix
Instal paleomix Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal paleomix menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install paleomix
Instal paleomix Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal paleomix menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install paleomix
Cara Menghapus Paleomix di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket paleomix kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove paleomix
Hapus instalan paleomix Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall paleomix dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove paleomix
Hapus Konfigurasi dan Data paleomix
Untuk menghapus konfigurasi paleomix dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge paleomix
Hapus konfigurasi paleomix, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi paleomix , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge paleomix
Referensi
-
situs paleomix
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal paleomix di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.
