Cara Menginstal maffilter di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal maffilter pada Debian 11. maffilter adalah proses penyelarasan genom dalam Format Multiple Alignment

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal maffilter di Debian 11.

Apa itu maffilter?

MafFilter menerapkan serangkaian “filter” ke file MAF, untuk membersihkannya, mengekstrak data dan statistik komputer sambil melacak meta-data terkait seperti koordinat genom dan skor kualitas..

Itu dapat memproses penyelarasan untuk menghapus daerah berkualitas rendah / ambigu / bertopeng.
Itu dapat mengekspor data ke dalam satu atau beberapa file penyelarasan dalam format seperti Fasta atau Clustal.
Itu dapat membaca data anotasi dalam format GFF atau GTF, dan mengekstrak perataan yang sesuai.
Itu dapat melakukan perhitungan jendela geser.
Itu dapat merekonstruksi filogeni / silsilah di sepanjang penyelarasan genom.
Ini dapat menghitung statistik genetika populasi, seperti spektrum frekuensi situs, jumlah situs tetap/polimorfik, dll.

Ada tiga cara untuk menginstal maffilter di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal maffilter Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal maffilter menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install maffilter

Instal maffilter Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal maffilter menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install maffilter

Instal maffilter Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal maffilter menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install maffilter

Cara Uninstall maffilter di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket maffilter kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove maffilter

Copot pemasangan maffilter Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall maffilter dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove maffilter

Hapus Konfigurasi dan Data maffilter

Untuk menghapus konfigurasi dan data maffilter dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge maffilter

Hapus konfigurasi maffilter, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi maffilter , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge maffilter

Referensi

situs web maffilter

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal maffilter di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.