Cara Menginstal fastqc di Debian 11

Cara Menginstal fastqc di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11. fastqc adalah kontrol kualitas untuk data urutan throughput tinggi

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11.

Apa itu fastqc

FastQC bertujuan untuk menyediakan cara sederhana untuk melakukan beberapa pemeriksaan kontrol kualitas pada data urutan mentah yang berasal dari jalur pipa sekuensing throughput tinggi. Ini menyediakan serangkaian analisis modular yang dapat Anda gunakan untuk memberikan kesan cepat apakah data Anda memiliki masalah yang harus Anda ketahui sebelum melakukan analisis lebih lanjut. Fungsi utama FastQC adalah

  • Impor data dari file BAM, SAM atau FastQ (varian apa saja)

  • Memberikan gambaran singkat untuk memberi tahu Anda di area mana yang mungkin mengalami masalah

  • Ringkasan grafik dan tabel untuk menilai data Anda dengan cepat

  • Ekspor hasil ke laporan permanen berbasis HTML

  • Operasi offline untuk memungkinkan pembuatan laporan secara otomatis tanpa menjalankan aplikasi interaktif

Ada tiga cara untuk menginstal fastqc di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get , apt dan aptitude . Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal fastqc Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install fastqc

Instal fastqc Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install fastqc

Instal fastqc Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install fastqc

Cara Menghapus Fastqc di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket fastqc kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove fastqc

Copot pemasangan fastqc Dan Dependensinya

Untuk uninstall fastqc dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove fastqc

Hapus Konfigurasi dan Data fastqc

Untuk menghapus konfigurasi fastqc dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge fastqc

Hapus konfigurasi fastqc, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi fastqc , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge fastqc

Referensi

  • situs fastqc

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.