Cara Menginstal fastqc di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11. fastqc adalah kontrol kualitas untuk data urutan throughput tinggi
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11.
Apa itu fastqc
FastQC bertujuan untuk menyediakan cara sederhana untuk melakukan beberapa pemeriksaan kontrol kualitas pada data urutan mentah yang berasal dari jalur pipa sekuensing throughput tinggi. Ini menyediakan serangkaian analisis modular yang dapat Anda gunakan untuk memberikan kesan cepat apakah data Anda memiliki masalah yang harus Anda ketahui sebelum melakukan analisis lebih lanjut. Fungsi utama FastQC adalah
-
Impor data dari file BAM, SAM atau FastQ (varian apa saja)
-
Memberikan gambaran singkat untuk memberi tahu Anda di area mana yang mungkin mengalami masalah
-
Ringkasan grafik dan tabel untuk menilai data Anda dengan cepat
-
Ekspor hasil ke laporan permanen berbasis HTML
-
Operasi offline untuk memungkinkan pembuatan laporan secara otomatis tanpa menjalankan aplikasi interaktif
Ada tiga cara untuk menginstal fastqc di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get , apt dan aptitude . Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal fastqc Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install fastqc
Instal fastqc Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install fastqc
Instal fastqc Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal fastqc menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install fastqc
Cara Menghapus Fastqc di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket fastqc kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove fastqc
Copot pemasangan fastqc Dan Dependensinya
Untuk uninstall fastqc dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove fastqc
Hapus Konfigurasi dan Data fastqc
Untuk menghapus konfigurasi fastqc dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge fastqc
Hapus konfigurasi fastqc, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi fastqc , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge fastqc
Referensi
-
situs fastqc
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal fastqc di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.
