Cara Menginstal ecopcr di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ecopcr di Debian 11. ecopcr adalah perkiraan kualitas primer barcode PCR

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ecopcr di Debian 11.

Apa itu ecopcr

DNA barcoding adalah alat untuk mengkarakterisasi asal spesies menggunakan urutan pendek dari posisi standar dan posisi yang disepakati dalam genom. Untuk digunakan sebagai kode batang DNA, lokus genom harus bervariasi di antara individu-individu dari spesies yang sama hanya pada tingkat yang kecil dan harus bervariasi di antara spesies dengan sangat cepat. Dari sudut pandang praktis, lokus barcode harus diapit oleh dua wilayah yang dilestarikan untuk merancang primer PCR. Beberapa lokus barcode yang ditemukan secara manual seperti COI, rbcL, 18S, 16S dan 23S rDNA, atau trnH-ps secara rutin digunakan saat ini, tetapi tidak ada fungsi objektif yang dijelaskan untuk mengukur kualitasnya dalam hal universalitas (cakupan barcode, Bc ) atau dalam istilah kapasitas diskriminasi taksonomi (kekhususan kode batang, Bs ). ecoPCR adalah perangkat lunak PCR elektronik yang dikembangkan oleh LECA dan Helix-Project. Ini membantu untuk memperkirakan kualitas primer Barcode. Dalam hubungannya dengan OBITools, Anda dapat melakukan postprocess output ecoPCR untuk menghitung cakupan barcode dan spesifisitas barcode. Primer barcode baru dapat dikembangkan menggunakan perangkat lunak ecoPrimers

Ada tiga cara untuk menginstal ecopcr di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal ecopcr Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal ecopcr menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install ecopcr

Instal ecopcr Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal ecopcr menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install ecopcr

Instal ecopcr Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal ecopcr menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install ecopcr

Cara Menghapus instalan ecopcr di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket ecopcr kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove ecopcr

Copot pemasangan ecopcr Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall ecopcr dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove ecopcr

Hapus Konfigurasi dan Data ecopcr

Untuk menghapus konfigurasi dan data ecopcr dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge ecopcr

Hapus konfigurasi ecopcr, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi ecopcr , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge ecopcr

Referensi

situs web ecopcr

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ecopcr di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.