Cara Menginstal dazzdb di Debian 11

Cara Menginstal dazzdb di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal dazzdb di Debian 11. dazzdb adalah mengatur urutan nukleotida membaca data

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal dazzdb di Debian 11.

Apa itu dazzdb

Untuk memfasilitasi beberapa fase assembler dazzler, semua data yang dibaca diatur ke dalam apa yang secara efektif merupakan database bacaan dan meta-informasinya. Tujuan desain untuk basis data ini adalah sebagai berikut:

  • Basis data menyimpan informasi sumber yang dibaca Pacbio sedemikian rupa sehingga dapat membuat ulang data masukan asli, sehingga memungkinkan user untuk menghapus file sumber (secara efektif berlebihan). Ini menghindari duplikasi data yang sama, sekali di file sumber dan sekali di database.

  • Basis data dapat dibangun secara bertahap, yaitu data urutan baru dapat ditambahkan ke basis data dari waktu ke waktu.

  • Basis data secara fleksibel memungkinkan seseorang untuk menyimpan meta-data yang diinginkan untuk dibaca. Hal ini dicapai dengan konsep trek yang dapat ditambahkan oleh pelaksana sesuai kebutuhan.

  • Data disimpan dalam bentuk terkompresi yang setara dengan file.dexta dan.dexqv dari modul ekstraksi data. Informasi.fasta dan.quiva untuk setiap pembacaan disimpan di basis data dan dapat dibuat ulang darinya. Informasi.quiva dapat ditambahkan secara terpisah dan nanti jika diinginkan.

  • Untuk memfasilitasi pekerjaan paralel, operasi cluster dari fase assembler, database memiliki konsep partisi saat ini di mana semua pembacaan yang memiliki panjang tertentu dan secara opsional unik untuk sebuah sumur, dibagi menjadi blok -blok yang berisi kira-kira nilai tertentu. jumlah pangkalan, kecuali mungkin blok terakhir yang mungkin memiliki hitungan pendek. Seringkali program dapat dijalankan pada blok atau pasangan blok dan setiap pekerjaan tersebut cukup seimbang karena semua blok berukuran sama. Seseorang harus berhati-hati dalam mengubah partisi selama perakitan karena hal itu dapat membatalkan validitas struktural dari hasil berbasis blok sementara.

Ada tiga cara untuk menginstal dazzdb di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get , apt dan aptitude . Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal dazzdb Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal dazzdb menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install dazzdb

Instal dazzdb Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal dazzdb menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install dazzdb

Instal dazzdb Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal dazzdb menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install dazzdb

Cara Uninstall dazzdb di Debian 11

Untuk meng-uninstall hanya paket dazzdb kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove dazzdb

Copot pemasangan dazzdb Dan Dependensinya

Untuk menguninstall dazzdb dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove dazzdb

Hapus Konfigurasi dan Data dazzdb

Untuk menghapus konfigurasi dazzdb dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge dazzdb

Hapus konfigurasi dazzdb, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi dazzdb , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge dazzdb

Referensi

  • situs web dazzdb

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal dazzdb di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.