Cara Menginstal cutadapt di Debian 11

Cara Menginstal cutadapt di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cutadapt di Debian 11. cutadapt adalah Membersihkan sekuens biologis dari pembacaan sekuensing throughput tinggi

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cutadapt di Debian 11.

Apa itu cutadapt?

Cutadapt membantu tugas pembersihan urutan biologis dengan menemukan adaptor atau urutan primer dengan cara yang toleran terhadap error. Itu juga dapat memodifikasi dan memfilter bacaan dengan berbagai cara. Urutan adaptor dapat berisi karakter wildcard IUPAC. Selain itu, pembacaan akhir berpasangan dan bahkan data ruang warna didukung. Jika mau, Anda juga dapat melakukan demultiplex data input, tanpa menghapus urutan adaptor sama sekali. Paket ini berisi interface user.

Ada tiga cara untuk menginstal cutadapt di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal cutadapt Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cutadapt menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install cutadapt

Instal cutadapt Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cutadapt menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y instal cutadapt

Instal cutadapt Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cutadapt menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install cutadapt

Cara Menghapus instalan cutadapt di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket cutadapt kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove cutadapt

Copot instalan cutadapt Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall cutadapt dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove cutadapt

Hapus Konfigurasi dan Data cutadapt

Untuk menghapus konfigurasi dan data cutadapt dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge cutadapt

Hapus konfigurasi cutadapt, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi cutadapt , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge cutadapt

Referensi

  • situs web cutadapt

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cutadapt di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.