Cara Menginstal biobambam2 di Debian 11
Dalam tutorial ini kita mempelajari cara menginstal biobambam2 di Debian 11. biobambam2 adalah alat untuk pemrosesan file penyelarasan tahap awal
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal biobambam2 di Debian 11.
Apa itu biobambam2?
Paket ini berisi beberapa alat untuk memproses file BAM, termasuk. bamsormadup: penyortiran paralel dan penandaan duplikat bamcollate2: membaca BAM dan menulis BAM disusun ulang sedemikian rupa sehingga penyelarasan atau disusun berdasarkan nama kueri bammarkduplicates: membaca BAM dan menulis BAM dengan penjajaran duplikat yang ditandai menggunakan bidang flags BAM bammaskflags: membaca BAM dan menulis BAM saat menutupi (menghapus ) bit dari kolom flags bamrecompress: membaca BAM dan menulis BAM dengan pengaturan kompresi yang ditentukan. Alat ini mampu multi-threading. bamsort: membaca BAM dan menulis BAM menggunakan koordinat atau nama kueri bamtofastq: membaca BAM dan menulis FastQ; output dapat disusun atau tidak disusun berdasarkan nama kueri
Ada tiga cara untuk menginstal biobambam2 di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal biobambam2 Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal biobambam2 menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install biobambam2
Instal biobambam2 Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal biobambam2 menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install biobambam2
Instal biobambam2 Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal biobambam2 menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install biobambam2
Cara Menghapus instalasi biobambam2 di Debian 11
Untuk menguninstall hanya paket biobambam2 kita bisa menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove biobambam2
Copot pemasangan biobambam2 Dan Dependensinya
Untuk uninstall biobambam2 dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove biobambam2
Hapus Konfigurasi dan Data biobambam2
Untuk menghapus konfigurasi dan data biobambam2 dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge biobambam2
Hapus konfigurasi biobambam2, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi biobambam2 , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge biobambam2
Referensi
-
situs biobambam2
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal biobambam2 di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.