Cara Menginstal bitseq di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bitseq pada Debian 11. bitseq adalah Inferensi Bayesian Transkrip dari Data Sequencing
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bitseq di Debian 11.
Apa itu bitseq?
BitSeq adalah aplikasi untuk menyimpulkan tingkat ekspresi transkrip individu dari data sequencing (RNA-Seq) dan memperkirakan ekspresi diferensial (DE) antara kondisi. Keuntungan dari pendekatan ini adalah kemampuan untuk memperhitungkan ketidakpastian teknis dan varian biologis intrinsik untuk menghindari panggilan DE palsu. Kontribusi teknis terhadap ketidakpastian berasal dari kedalaman baca yang terbatas dan pemetaan pembacaan yang mungkin ambigu ke beberapa transkrip.
Ada tiga cara untuk menginstal bitseq di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal bitseq Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bitseq menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install bitseq
Instal bitseq Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bitseq menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install bitseq
Instal bitseq Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bitseq menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install bitseq
Cara Menghapus bitseq di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket bitseq kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove bitseq
Copot pemasangan bitseq Dan Dependensinya
Untuk uninstall bitseq dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove bitseq
Hapus Konfigurasi dan Data bitseq
Untuk menghapus konfigurasi bitseq dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge bitseq
Hapus konfigurasi bitseq, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bitseq , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge bitseq
Referensi
-
situs bitseq
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bitseq pada Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.
