Cara Menginstal bedtools di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bedtools di Debian 11. bedtools adalah suite utilitas untuk membandingkan fitur genom

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bedtools di Debian 11.

Apa itu peralatan tidur?

Utilitas BEDTools memungkinkan seseorang untuk menangani tugas genomik umum seperti menemukan tumpang tindih fitur dan cakupan komputasi. Utilitas sebagian besar didasarkan pada empat format file yang banyak digunakan: BED, GFF/GTF, VCF, dan SAM/BAM. Menggunakan BEDTools, seseorang dapat mengembangkan saluran pipa canggih yang menjawab pertanyaan penelitian yang rumit dengan mengalirkan beberapa BEDTools bersama-sama.. Utilitas groupBy didistribusikan dalam paket filo.

Ada tiga cara untuk menginstal bedtools di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal bedtools Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bedtools menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install bedtools

Instal bedtools Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal bedtools menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install bedtools

Instal bedtools Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bedtools menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install bedtools

Cara Uninstall bedtools di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket bedtools kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove bedtools

Copot pemasangan bedtools Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall bedtools dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove bedtools

Hapus Konfigurasi dan Data bedtools

Untuk menghapus konfigurasi dan data bedtools dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge bedtools

Hapus konfigurasi bedtools, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bedtools , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge bedtools

Referensi

situs tempat tidur

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bedtools di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.