Cara Menginstal bamtools di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bamtools di Debian 11. bamtools adalah toolkit untuk memanipulasi file BAM (genome alignment)

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bamtools di Debian 11.

Apa itu bamtools?

BamTools memfasilitasi analisis penelitian dan pengelolaan data menggunakan file BAM. Ini mengatasi sejumlah besar data yang dihasilkan oleh teknologi pengurutan saat ini yang biasanya disimpan dalam format biner terkompresi yang tidak mudah ditangani oleh pengurai berbasis teks yang biasa digunakan dalam penelitian bioinformatika.. BamTools menyediakan C++ API untuk dukungan file BAM serta toolkit command line.. Ini adalah toolkit command line bamtools.. Perintah bamtools yang tersedia: convert Mengonversi antara BAM dan sejumlah format lain menghitung Mencetak jumlah perataan dalam cakupan file BAM Mencetak statistik cakupan dari input filter file BAM Filter file BAM berdasarkan kriteria yang ditentukan user header Mencetak header BAM indeks informasi Menghasilkan indeks untuk penggabungan file BAM Menggabungkan beberapa file BAM menjadi satu file secara acak Pilih perataan acak dari file BAM yang ada, yang dimaksudkan lebih sebagai alat pengujian. resolve Menyelesaikan pembacaan akhir berpasangan (menandai flag IsProperPair sesuai kebutuhan) revert Menghapus tanda duplikat dan mengembalikan kualitas dasar asli sort Mengurutkan file BAM menurut beberapa kriteria split Membagi file BAM pada properti yang ditentukan user, membuat file output BAM baru untuk setiap nilai yang ditemukan stats Mencetak beberapa statistik dasar dari input file BAM

Ada tiga cara untuk menginstal bamtools di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal bamtools Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bamtools menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install bamtools

Instal bamtools Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bamtools menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install bamtools

Instal bamtools Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bamtools menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install bamtools

Cara Menghapus bamtools di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket bamtools kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove bamtools

Copot pemasangan bamtools Dan Dependensinya

Untuk uninstall bamtools dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove bamtools

Hapus Konfigurasi dan Data bamtools

Untuk menghapus konfigurasi dan data bamtools dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge bamtools

Hapus konfigurasi bamtools, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bamtools , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge bamtools

Referensi

situs web bamtools

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bamtools di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.