Cara Menginstal atropos di Debian 11


Cara Menginstal atropos di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11. atropos adalah alat pemangkas baca NGS yang spesifik, sensitif, dan cepat

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11.

Apa itu atropos?

Atropos adalah alat untuk pemangkasan NGS yang spesifik, sensitif, dan cepat. Ini adalah garpu pemangkas baca Cutadapt yang terhormat, dengan peningkatan utama adalah:.

  1. Dukungan multi-threading, termasuk cara “parallel write” yang sangat cepat.

  2. Implementasi algoritme pemangkasan berbasis penyelarasan sisipan baru untuk pembacaan akhir berpasangan yang secara substansial lebih sensitif dan spesifik daripada algoritme berbasis penyelarasan adaptor Cutadapt asli. Algoritme ini juga dapat memperbaiki ketidakcocokan antara bagian bacaan yang tumpang tindih.

  3. Opsi untuk memangkas tipe data tertentu (miRNA, bisulfite-seq).

  4. Perintah baru (‘deteksi’) yang akan mendeteksi rangkaian adaptor dan kontaminan potensial lainnya.

  5. Perintah baru (‘error’) yang akan memperkirakan tingkat error pengurutan, yang membantu memilih nilai parameter pemangkasan adaptor dan kualitas yang sesuai.

  6. Perintah baru (‘qc’) yang menghasilkan statistik baca yang mirip dengan FastQC. Perintah trim juga dapat menghitung statistik baca baik sebelum dan sesudah pemangkasan (menggunakan opsi ‘–stats’).

  7. Laporan ringkasan yang ditingkatkan, termasuk dukungan untuk format serialisasi (JSON, YAML, acar), dukungan untuk templat yang ditentukan user (melalui ketergantungan Jinja2 opsional), dan integrasi dengan MultiQC.

  8. Kemampuan untuk menggabungkan bacaan yang tumpang tindih (ini eksperimental dan fungsinya terbatas).

  9. Kemampuan untuk menulis laporan ringkasan dan mencatat pesan ke file yang terpisah.

  10. Kemampuan untuk membaca file SAM/BAM dan membaca/menulis file FASTQ yang disisipkan.

  11. Pemangkasan langsung bacaan dari aksesi SRA.

  12. Bilah kemajuan, dan peningkatan kegunaan kecil lainnya.

Ada tiga cara untuk menginstal atropos di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal atropos Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install atropos

Instal atropos Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install atropos

Instal atropos Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install atropos

Cara Uninstall atropos di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket atropos kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove atropos

Copot pemasangan atropos Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall atropos dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove atropos

Hapus Konfigurasi dan Data atropos

Untuk menghapus konfigurasi dan data atropos dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge atropos

Hapus konfigurasi atropos, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi atropos , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge atropos

Referensi

  • situs web atropos

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: Zugul Malakiano