Cara Menginstal atropos di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11. atropos adalah alat pemangkas baca NGS yang spesifik, sensitif, dan cepat
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11.
Apa itu atropos?
Atropos adalah alat untuk pemangkasan NGS yang spesifik, sensitif, dan cepat. Ini adalah garpu pemangkas baca Cutadapt yang terhormat, dengan peningkatan utama adalah:.
-
Dukungan multi-threading, termasuk cara “parallel write” yang sangat cepat.
-
Implementasi algoritme pemangkasan berbasis penyelarasan sisipan baru untuk pembacaan akhir berpasangan yang secara substansial lebih sensitif dan spesifik daripada algoritme berbasis penyelarasan adaptor Cutadapt asli. Algoritme ini juga dapat memperbaiki ketidakcocokan antara bagian bacaan yang tumpang tindih.
-
Opsi untuk memangkas tipe data tertentu (miRNA, bisulfite-seq).
-
Perintah baru (‘deteksi’) yang akan mendeteksi rangkaian adaptor dan kontaminan potensial lainnya.
-
Perintah baru (‘error’) yang akan memperkirakan tingkat error pengurutan, yang membantu memilih nilai parameter pemangkasan adaptor dan kualitas yang sesuai.
-
Perintah baru (‘qc’) yang menghasilkan statistik baca yang mirip dengan FastQC. Perintah trim juga dapat menghitung statistik baca baik sebelum dan sesudah pemangkasan (menggunakan opsi ‘–stats’).
-
Laporan ringkasan yang ditingkatkan, termasuk dukungan untuk format serialisasi (JSON, YAML, acar), dukungan untuk templat yang ditentukan user (melalui ketergantungan Jinja2 opsional), dan integrasi dengan MultiQC.
-
Kemampuan untuk menggabungkan bacaan yang tumpang tindih (ini eksperimental dan fungsinya terbatas).
-
Kemampuan untuk menulis laporan ringkasan dan mencatat pesan ke file yang terpisah.
-
Kemampuan untuk membaca file SAM/BAM dan membaca/menulis file FASTQ yang disisipkan.
-
Pemangkasan langsung bacaan dari aksesi SRA.
-
Bilah kemajuan, dan peningkatan kegunaan kecil lainnya.
Ada tiga cara untuk menginstal atropos di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal atropos Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install atropos
Instal atropos Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install atropos
Instal atropos Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal atropos menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install atropos
Cara Uninstall atropos di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket atropos kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove atropos
Copot pemasangan atropos Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall atropos dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove atropos
Hapus Konfigurasi dan Data atropos
Untuk menghapus konfigurasi dan data atropos dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge atropos
Hapus konfigurasi atropos, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi atropos , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge atropos
Referensi
-
situs web atropos
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal atropos di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.