Cara Memasang cct di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cct di Debian 11. cct secara visual membandingkan urutan bakteri, plasmid, kloroplas, atau mitokondria
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cct di Debian 11.
Apa itu cct
CGView Comparison Tool (CCT) adalah paket untuk membandingkan secara visual sekuens bakteri, plasmid, kloroplas, atau mitokondria yang diminati dengan genom atau koleksi sekuens yang ada. Perbandingan dilakukan dengan menggunakan BLAST, dan hasil BLAST disajikan dalam bentuk peta grafis yang juga dapat menunjukkan fitur urutan, nama gen dan protein, penetapan kategori COG, dan karakteristik komposisi urutan. CCT dapat menghasilkan peta dalam berbagai ukuran, termasuk peta 400 Megapiksel yang cocok untuk poster. Perbandingan dapat dilakukan dalam spesies atau genus tertentu, atau semua genom yang tersedia dapat digunakan. Seluruh proses pembuatan peta, mulai dari mengdownload urutan hingga menggambar ulang peta yang diperbesar, dapat diselesaikan dengan mudah menggunakan skrip yang disertakan dengan CCT. Fitur yang ditentukan user atau hasil analisis dapat disertakan pada peta, dan peta dapat disesuaikan secara ekstensif. Untuk menyederhanakan pengaturan program, tersedia engine virtual CCT yang mencakup semua dependensi yang telah diinstal sebelumnya. Tutorial rinci yang menggambarkan useran CCT disertakan dengan dokumentasi CCT.
Ada tiga cara untuk menginstal cct di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal cct Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cct menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install cct
Instal cct Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cct menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install cct
Instal cct Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal cct menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install cct
Cara Menghapus cct di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket cct kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove cct
Copot pemasangan cct Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall cct dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove cct
Hapus Konfigurasi dan Data cct
Untuk menghapus konfigurasi cct dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge cct
Hapus konfigurasi cct, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi cct , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge cct
Referensi
- situs web cct
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal cct di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.
