Cara Menginstal yanosim di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11. yanosim adalah read simulator nanopore DRS datasets
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11.
Apa itu yanosim?
Yanosim memiliki tiga opsi:.
-
caral yanosim: Membuat caral ketidakcocokan, penyisipan, dan penghapusan berdasarkan keselarasan pembacaan DRS nanopore ke referensi. Bacaan harus disejajarkan dengan transkriptom yaitu tanpa penyelarasan yang disambung, menggunakan minimap2. Mereka harus memiliki tag cs.
-
yanosim quantify: Menghitung jumlah pembacaan yang dipetakan ke setiap transkrip dalam referensi, sehingga jumlah pembacaan yang tepat dapat disimulasikan.
-
simulasi yanosim: Mengingat caral yang dibuat menggunakan caral yanosim, dan jumlah pembacaan per-transkrip yang dibuat menggunakan simulasi yanosim, simulasikan pembacaan panjang yang rawan error dari file fasta yang diberikan.
Ada tiga cara untuk menginstal yanosim di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal yanosim Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install yanosim
Instal yanosim Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install yanosim
Instal yanosim Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install yanosim
Cara Uninstall yanosim di Debian 11
Untuk uninstall paket yanosim saja kita bisa menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove yanosim
Copot pemasangan yanosim Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall yanosim dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove yanosim
Hapus Konfigurasi dan Data yanosim
Untuk menghapus konfigurasi dan data yanosim dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge yanosim
Hapus konfigurasi yanosim, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi yanosim, data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge yanosim
Referensi
-
situs web yanosim
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.