Cara Menginstal yanosim di Debian 11

Cara Menginstal yanosim di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11. yanosim adalah read simulator nanopore DRS datasets

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11.

Apa itu yanosim?

Yanosim memiliki tiga opsi:.

  1. caral yanosim: Membuat caral ketidakcocokan, penyisipan, dan penghapusan berdasarkan keselarasan pembacaan DRS nanopore ke referensi. Bacaan harus disejajarkan dengan transkriptom yaitu tanpa penyelarasan yang disambung, menggunakan minimap2. Mereka harus memiliki tag cs.

  2. yanosim quantify: Menghitung jumlah pembacaan yang dipetakan ke setiap transkrip dalam referensi, sehingga jumlah pembacaan yang tepat dapat disimulasikan.

  3. simulasi yanosim: Mengingat caral yang dibuat menggunakan caral yanosim, dan jumlah pembacaan per-transkrip yang dibuat menggunakan simulasi yanosim, simulasikan pembacaan panjang yang rawan error dari file fasta yang diberikan.

Ada tiga cara untuk menginstal yanosim di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal yanosim Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install yanosim

Instal yanosim Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install yanosim

Instal yanosim Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal yanosim menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install yanosim

Cara Uninstall yanosim di Debian 11

Untuk uninstall paket yanosim saja kita bisa menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove yanosim

Copot pemasangan yanosim Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall yanosim dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove yanosim

Hapus Konfigurasi dan Data yanosim

Untuk menghapus konfigurasi dan data yanosim dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge yanosim

Hapus konfigurasi yanosim, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi yanosim, data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge yanosim

Referensi

  • situs web yanosim

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal yanosim di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: fungsi