Cara Menginstal profbval di Debian 11

Dalam tutorial ini kita mempelajari cara menginstal profbval di Debian 11. profbval adalah prediktor residu protein fleksibel/kaku dari urutan

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal profbval di Debian 11.

Apa itu profbval?

PROFbval dapat berguna untuk prediksi struktur dan fungsi protein. Misalnya, seorang ahli biologi dapat menemukan determinan antigenik yang potensial dengan mengidentifikasi residu yang paling fleksibel pada permukaan protein. Selain itu, kristalografer dapat menemukan residu yang berpotensi memiliki nilai B eksperimental yang tinggi. PROFbval mengambil input berikut, dijelaskan lebih lanjut pada profbval(1):

urutan protein dalam file FASTA
struktur sekunder dan prediksi aksesibilitas pelarut oleh prof(1)
file HSSP. Latar Belakang: Mobilitas suatu residu pada permukaan protein berkaitan dengan peran fungsionalnya. Oleh karena itu, identifikasi residu yang sangat kaku atau fleksibel pada permukaan protein sangat membantu untuk mengidentifikasi residu yang penting secara fungsional dalam protein. Ukuran umum mobilitas atom dalam protein adalah data nilai-B dari struktur kristalografi sinar-x. PROFbval adalah alat pertama untuk memprediksi nilai B tulang punggung yang dinormalisasi dari urutan asam amino.

Ada tiga cara untuk menginstal profbval di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal profbval Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal profbval menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install profbval

Instal profbval Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal profbval menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install profbval

Instal profbval Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal profbval menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install profbval

Cara Menghapus profbval di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket profbval kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove profbval

Copot pemasangan profbval Dan Dependensinya

Untuk menguninstall profbval dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove profbval

Hapus Konfigurasi dan Data profbval

Untuk menghapus konfigurasi dan data profbval dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge profbval

Hapus konfigurasi profbval, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi profbval , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge profbval

Referensi

situs web profbval

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal profbval di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.