Cara Menginstal pdb2pqr di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pdb2pqr di Debian 11. pdb2pqr adalah Persiapan struktur protein untuk perhitungan elektrostatika
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pdb2pqr di Debian 11.
Apa itu pdb2pqr
PDB2PQR adalah paket perangkat lunak Python yang mengotomatiskan banyak tugas umum mempersiapkan struktur untuk perhitungan elektrostatika kontinum. Dengan demikian menyediakan utilitas platform-independen untuk mengkonversi file protein dalam format PDB ke format PQR. Tugas-tugas ini meliputi:
-
Menambahkan sejumlah atom berat yang hilang ke struktur biomolekuler
-
Menentukan pKas rantai samping
-
Menempatkan hidrogen yang hilang
-
Mengoptimalkan protein untuk ikatan hidrogen yang menguntungkan
-
Menetapkan parameter muatan dan radius dari berbagai medan gaya. Paket ini juga mencakup PropKa, alat untuk memodifikasi status protonasi struktur protein dalam format Protein Data Bank (PDB) agar sesuai dengan nilai pKa yang diberikan. Ini juga dapat digunakan untuk memperbaiki struktur NMR, yang sering menghasilkan nilai pKa yang tidak akurat untuk beberapa residu.
Ada tiga cara untuk menginstal pdb2pqr di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal pdb2pqr Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pdb2pqr menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install pdb2pqr
Instal pdb2pqr Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pdb2pqr menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install pdb2pqr
Instal pdb2pqr Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pdb2pqr menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install pdb2pqr
Cara Menghapus pdb2pqr di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket pdb2pqr kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove pdb2pqr
Copot pemasangan pdb2pqr Dan Dependensinya
Untuk uninstall pdb2pqr dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita dapat menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove pdb2pqr
Hapus Konfigurasi dan Data pdb2pqr
Untuk menghapus konfigurasi dan data pdb2pqr dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge pdb2pqr
Hapus konfigurasi pdb2pqr, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi pdb2pqr , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge pdb2pqr
Referensi
-
situs web pdb2pqr
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pdb2pqr di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.