Cara Menginstal pbdagcon di Debian 11

Cara Menginstal pbdagcon di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pbdagcon di Debian 11. pbdagcon adalah konsensus urutan menggunakan grafik asiklik terarah

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pbdagcon di Debian 11.

Apa itu pbdagcon?

pbdagcon adalah alat yang mengimplementasikan DAGCon (Directed Acyclic Graph Consensus) yang merupakan algoritma konsensus urutan berdasarkan useran grafik asiklik terarah untuk mengkodekan penyelarasan beberapa urutan. Ini menggunakan informasi penyelarasan dari blasr untuk menyelaraskan pembacaan urutan ke urutan “tulang punggung”. Berdasarkan grafik asiklik berarah keselarasan yang mendasarinya (DAG), ia akan dapat menggunakan informasi baru dari bacaan untuk menemukan perbedaan antara bacaan dan urutan “tulang punggung”. Proses pemrograman dinamis kemudian diterapkan ke DAG untuk menemukan urutan basis optimal sebagai konsensus. Konsensus baru dapat digunakan sebagai urutan tulang punggung baru untuk meningkatkan kualitas konsensus secara iteratif. Sementara kode dikembangkan untuk memproses data urutan mentah PacBio(TM), algoritme dapat digunakan untuk tujuan konsensus umum. Saat ini, hanya membutuhkan input FASTA. Untuk urutan baca yang lebih pendek, seseorang mungkin perlu menyesuaikan parameter perataan blasr untuk mendapatkan string perataan dengan benar. Kode dan struktur data grafis yang mendasari telah digunakan untuk beberapa prototyping pengembangan algoritma termasuk membaca bertahap dan pra-perakitan.

Ada tiga cara untuk menginstal pbdagcon di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal pbdagcon Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pbdagcon menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install pbdagcon

Instal pbdagcon Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pbdagcon menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install pbdagcon

Instal pbdagcon Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal pbdagcon menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install pbdagcon

Cara Menghapus pbdagcon di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket pbdagcon kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove pbdagcon

Copot pemasangan pbdagcon Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall pbdagcon dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove pbdagcon

Hapus Konfigurasi dan Data pbdagcon

Untuk menghapus konfigurasi dan data pbdagcon dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge pbdagcon

Hapus konfigurasi pbdagcon, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi pbdagcon , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge pbdagcon

Referensi

  • situs web pbdagcon

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal pbdagcon di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: fungsi