Cara Menginstal nanolyse di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal nanolyse di Debian 11. nanolyse adalah menghapus pembacaan lambda phage dari file fastq
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal nanolyse di Debian 11.
Apa itu nanolisis?
NanoLyse adalah alat untuk menghilangkan DNA kontaminan dengan cepat, menggunakan pelurus Minimap2 melalui pengikatan Python mappy. Aplikasi tipikal adalah penghilangan fragmen DNA kontrol fag lambda yang dipasok oleh ONT, yang urutan referensinya disertakan dalam paket. Namun, pendekatan ini dapat menyebabkan hilangnya pembacaan yang tidak diinginkan dari daerah yang sangat homolog dengan genom fag lambda.
Ada tiga cara untuk menginstal nanolyse di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal nanolyse Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal nanolyse menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install nanolyse
Instal nanolyse Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal nanolyse menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install nanolyse
Instal nanolyse Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal nanolyse menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install nanolyse
Cara Menghapus instalasi nanolyse di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket nanolyse kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove nanolyse
Copot pemasangan nanolyse Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall nanolyse dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove nanolyse
Hapus Konfigurasi dan Data nanolyse
Untuk menghapus konfigurasi dan data nanolyse dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge nanolyse
Hapus konfigurasi nanolyse, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi nanolyse , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge nanolyse
Referensi
-
situs web nanolyse
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal nanolyse di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.