Cara Menginstal ivar di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ivar di Debian 11. ivar berfungsi secara luas berguna untuk pengurutan berbasis amplikon virus
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ivar di Debian 11.
Apa itu ivar
iVar adalah paket komputasi yang berisi fungsi yang secara luas berguna untuk pengurutan berbasis amplikon virus. Alat tambahan untuk pengurutan metagenomik secara aktif dimasukkan ke dalam iVar. Sementara masing-masing fungsi ini dapat dicapai dengan menggunakan alat yang ada, iVar berisi persimpangan fungsionalitas dari beberapa alat yang diperlukan untuk memanggil iSNV dan urutan konsensus dari data urutan virus di beberapa ulangan. iVar menyediakan fungsi-fungsi berikut:.
-
pemangkasan primer dan basa berkualitas rendah,
-
panggilan konsensus,
-
panggilan varian – baik iSNV dan penyisipan/penghapusan, dan
-
mengidentifikasi ketidaksesuaian dengan urutan primer dan mengecualikan pembacaan yang sesuai dari file penyelarasan.
Ada tiga cara untuk menginstal ivar di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get , apt dan aptitude . Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal ivar Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal ivar menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install ivar
Instal ivar Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal ivar menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install ivar
Instal ivar Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal ivar menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install ivar
Cara Menghapus ivar di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket ivar kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove ivar
Copot ivar Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall ivar dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove ivar
Hapus Konfigurasi dan Data ivar
Untuk menghapus konfigurasi ivar dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge ivar
Hapus konfigurasi ivar, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi ivar , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge ivar
Referensi
-
situs web ivar
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal ivar di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.