Cara Menginstal centrifuge di Debian 11

Cara Menginstal centrifuge di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal centrifuge pada Debian 11. centrifuge adalah sistem yang cepat dan hemat memori untuk klasifikasi urutan DNA

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal centrifuge di Debian 11.

Apa itu centrifuge?

Centrifuge adalah sistem yang sangat cepat dan hemat memori untuk klasifikasi urutan DNA dari sampel mikroba, dengan sensitivitas yang lebih baik daripada dan akurasi yang sebanding dengan sistem terkemuka lainnya. Sistem ini menggunakan skema pengindeksan baru berdasarkan transformasi Burrows-Wheeler (BWT) dan indeks Ferragina-Manzini (FM), yang dioptimalkan secara khusus untuk masalah klasifikasi metagenomik. Centrifuge memerlukan indeks yang relatif kecil (misalnya, 4,3 GB untuk ~4.100 genom bakteri) namun memberikan kecepatan klasifikasi yang sangat cepat, memungkinkannya untuk memproses urutan DNA tipikal yang dijalankan dalam waktu satu jam. Bersama-sama kemajuan ini memungkinkan analisis yang tepat waktu dan akurat dari kumpulan data metagenomics besar pada komputer desktop konvensional.

Ada tiga cara untuk menginstal centrifuge di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal centrifuge Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal centrifuge menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install centrifuge

Instal centrifuge Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal centrifuge menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install centrifuge

Instal centrifuge Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, kita dapat menginstal centrifuge menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install centrifuge

Cara Uninstall centrifuge di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket centrifuge kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove centrifuge

Copot centrifuge Dan Dependensinya

Untuk uninstall centrifuge dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove centrifuge

Hapus Konfigurasi dan Data centrifuge

Untuk menghapus konfigurasi centrifuge dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge centrifuge

Hapus konfigurasi centrifuge, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi centrifuge , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge centrifuge

Referensi

  • situs web sentrifugal

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal centrifuge di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: Zugul Malakiano