Cara Menginstal bwa di Debian 11

Cara Menginstal bwa di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11. bwa adalah Burrows-Wheeler Aligner

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11.

Apa itu bwa

BWA adalah paket perangkat lunak untuk memetakan sekuens divergen rendah terhadap genom referensi besar, seperti genom manusia. Ini terdiri dari tiga algoritma: BWA-backtrack, BWA-SW dan BWA-MEM. Algoritma pertama dirancang untuk urutan Illumina yang membaca hingga 100bp, sedangkan dua sisanya untuk urutan yang lebih panjang berkisar antara 70bp hingga 1Mbp. BWA-MEM dan BWA-SW berbagi fitur serupa seperti dukungan baca panjang dan penyelarasan terpisah, tetapi BWA-MEM, yang terbaru, umumnya direkomendasikan untuk kueri berkualitas tinggi karena lebih cepat dan akurat. BWA-MEM juga memiliki kinerja yang lebih baik daripada BWA-backtrack untuk pembacaan 70-100bp Illumina.

Ada tiga cara untuk menginstal bwa di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal bwa Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install bwa

Instal bwa Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install bwa

Instal bwa Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install bwa

Cara Uninstall bwa di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket bwa kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove bwa

Copot pemasangan bwa Dan Dependensinya

Untuk uninstall bwa dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove bwa

Hapus Konfigurasi dan Data bwa

Untuk menghapus konfigurasi bwa dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge bwa

Hapus konfigurasi bwa, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bwa , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge bwa

Referensi

  • situs web bwa

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: Zugul Malakiano