Cara Menginstal bwa di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11. bwa adalah Burrows-Wheeler Aligner
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11.
Apa itu bwa
BWA adalah paket perangkat lunak untuk memetakan sekuens divergen rendah terhadap genom referensi besar, seperti genom manusia. Ini terdiri dari tiga algoritma: BWA-backtrack, BWA-SW dan BWA-MEM. Algoritma pertama dirancang untuk urutan Illumina yang membaca hingga 100bp, sedangkan dua sisanya untuk urutan yang lebih panjang berkisar antara 70bp hingga 1Mbp. BWA-MEM dan BWA-SW berbagi fitur serupa seperti dukungan baca panjang dan penyelarasan terpisah, tetapi BWA-MEM, yang terbaru, umumnya direkomendasikan untuk kueri berkualitas tinggi karena lebih cepat dan akurat. BWA-MEM juga memiliki kinerja yang lebih baik daripada BWA-backtrack untuk pembacaan 70-100bp Illumina.
Ada tiga cara untuk menginstal bwa di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal bwa Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install bwa
Instal bwa Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install bwa
Instal bwa Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bwa menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install bwa
Cara Uninstall bwa di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket bwa kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove bwa
Copot pemasangan bwa Dan Dependensinya
Untuk uninstall bwa dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove bwa
Hapus Konfigurasi dan Data bwa
Untuk menghapus konfigurasi bwa dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge bwa
Hapus konfigurasi bwa, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bwa , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge bwa
Referensi
- situs web bwa
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bwa di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.