Cara Menginstal bbmap di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bbmap di Debian 11. bbmap adalah short read aligner dan alat bioinformatika lainnya
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bbmap di Debian 11.
Apa itu bbmap?
BBMap: Penjajaran baca singkat untuk data DNA dan RNA-seq. Mampu menangani genom besar yang sewenang-wenang dengan jutaan perancah. Menangani Illumina, PacBio, 454, dan bacaan lainnya; sensitivitas yang sangat tinggi dan toleran terhadap error dan banyak indel besar.. BBMap adalah multithreaded serta alat-alat lain yang dibundel ke dalam paket ini misalnya:. BBNorm: Alat koreksi error dan normalisasi berbasis Kmer.. Dedupe: Menyederhanakan rakitan dengan menghapus duplikat atau berisi suburutan yang berbagi identitas persen target.. Memformat ulang: Memformat ulang pembacaan antara fasta/fastq/scarf/fasta+qual/sam, interleaved/paired, dan ASCII-33/64, dengan kecepatan lebih dari 500 MB/dtk.. BBDuk: Filter, trim, atau masker yang dibaca dengan kecocokan kmer ke file artefak/kontaminan.
Ada tiga cara untuk menginstal bbmap di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal bbmap Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bbmap menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install bbmap
Instal bbmap Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bbmap menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install bbmap
Instal bbmap Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bbmap menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install bbmap
Cara Menghapus bbmap di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket bbmap kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove bbmap
Copot pemasangan bbmap Dan Dependensinya
Untuk uninstall bbmap dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove bbmap
Hapus Konfigurasi dan Data bbmap
Untuk menghapus konfigurasi bbmap dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge bbmap
Hapus konfigurasi bbmap, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bbmap , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge bbmap
Referensi
-
situs bbmap
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bbmap di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.