Cara Menginstal augustus di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal augustus pada Debian 11. augustus adalah prediksi gen dalam genom eukariotik
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal augustus di Debian 11.
Apa itu agustus?
AUGUSTUS adalah perangkat lunak untuk prediksi gen dalam sekuens genom eukariotik yang didasarkan pada caral Markov tersembunyi yang digeneralisasikan (HMM), caral probabilistik dari sekuens dan struktur gennya. Setelah mempelajari struktur gen dari anotasi referensi, AUGUSTUS menggunakan HMM untuk mengenali gen dalam urutan baru dan menganotasinya dengan daerah gen yang diidentifikasi. Petunjuk eksternal, misalnya dari pengurutan RNA, EST atau penyelarasan protein, dll. dapat digunakan untuk memandu dan meningkatkan proses penemuan gen. Hasilnya adalah kumpulan struktur gen yang paling mungkin memenuhi semua batasan user yang diberikan, jika struktur gen tersebut ada. AUGUSTUS sudah menyertakan HMM bawaan untuk banyak spesies, serta skrip untuk melatih caral khusus menggunakan genom beranotasi.
Ada tiga cara untuk menginstal augustus di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal augustus Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install augustus
Instal augustus Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install augustus
Instal augustus Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install augustus
Cara Uninstall augustus di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket augustus kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove augustus
Copot pemasangan augustus Dan Dependensinya
Untuk meng-uninstall augustus dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove augustus
Hapus Konfigurasi dan Data augustus
Untuk menghapus konfigurasi dan data augustus dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge augustus
Hapus konfigurasi augustus, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi augustus , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge augustus
Referensi
-
situs web agustus
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal augustus di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.