Cara Menginstal augustus di Debian 11


Cara Menginstal augustus di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal augustus pada Debian 11. augustus adalah prediksi gen dalam genom eukariotik

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal augustus di Debian 11.

Apa itu agustus?

AUGUSTUS adalah perangkat lunak untuk prediksi gen dalam sekuens genom eukariotik yang didasarkan pada caral Markov tersembunyi yang digeneralisasikan (HMM), caral probabilistik dari sekuens dan struktur gennya. Setelah mempelajari struktur gen dari anotasi referensi, AUGUSTUS menggunakan HMM untuk mengenali gen dalam urutan baru dan menganotasinya dengan daerah gen yang diidentifikasi. Petunjuk eksternal, misalnya dari pengurutan RNA, EST atau penyelarasan protein, dll. dapat digunakan untuk memandu dan meningkatkan proses penemuan gen. Hasilnya adalah kumpulan struktur gen yang paling mungkin memenuhi semua batasan user yang diberikan, jika struktur gen tersebut ada. AUGUSTUS sudah menyertakan HMM bawaan untuk banyak spesies, serta skrip untuk melatih caral khusus menggunakan genom beranotasi.

Ada tiga cara untuk menginstal augustus di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal augustus Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install augustus

Instal augustus Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install augustus

Instal augustus Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal augustus menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install augustus

Cara Uninstall augustus di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket augustus kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove augustus

Copot pemasangan augustus Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall augustus dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove augustus

Hapus Konfigurasi dan Data augustus

Untuk menghapus konfigurasi dan data augustus dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge augustus

Hapus konfigurasi augustus, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi augustus , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge augustus

Referensi

  • situs web agustus

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar bagaimana menginstal augustus di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: Zugul Malakiano