Cara Memasang Bowtie di Debian 11
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bowtie di Debian 11. bowtie adalah short read aligner hemat memori Ultrafast
pengantar
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bowtie di Debian 11.
Apa itu dasi kupu -kupu?
Paket ini membahas masalah untuk menginterpretasikan hasil dari teknologi pengurutan DNA (2010) terbaru. Itu akan menghasilkan bentangan yang cukup pendek dan tidak bisa ditafsirkan secara langsung. Merupakan tantangan bagi alat seperti Bowtie untuk memberikan lokasi kromosom pada rangkaian pendek DNA yang diurutkan per proses.. Bowtie menyelaraskan urutan DNA pendek (membaca) ke genom manusia dengan kecepatan lebih dari 25 juta 35-bp membaca per jam. Bowtie mengindeks genom dengan indeks Burrows-Wheeler untuk menjaga jejak memorinya kecil: biasanya sekitar 2,2 GB untuk genom manusia (2,9 GB untuk ujung berpasangan).
Ada tiga cara untuk menginstal bowtie di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.
Instal bowtie Menggunakan apt-get
Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.
sudo apt-get update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bowtie menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt-get -y install bowtie
Instal dasi kupu-kupu Menggunakan apt
Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bowtie menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:
sudo apt -y install bowtie
Instal dasi kupu-kupu Menggunakan aptitude
Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.
sudo apt update
Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal bowtie menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:
sudo aptitude -y install bowtie
Cara Menghapus Bowtie di Debian 11
Untuk menghapus hanya paket bowtie kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get remove dasi kupu-kupu
Copot pemasangan bowtie Dan Dependensinya
Untuk uninstall bowtie dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:
sudo apt-get -y autoremove bowtie
Hapus Konfigurasi dan Data bowtie
Untuk menghapus konfigurasi dan data bowtie dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y purge bowtie
Hapus konfigurasi bowtie, data, dan semua dependensinya
Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bowtie , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:
sudo apt-get -y autoremove --purge bowtie
Referensi
- situs web dasi kupu-kupu
Ringkasan
Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal bowtie di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.