Cara Menginstal gbrowse di Debian 11

Cara Menginstal gbrowse di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal gbrowse di Debian 11. gbrowse adalah GMOD Generic Genome Browser

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal gbrowse di Debian 11.

Apa itu gbrowse?

Generic Genome Browser adalah browser genom berbasis web yang sederhana namun sangat dapat dikonfigurasi. Ini adalah komponen dari proyek Generic Model Organism Systems Database (GMOD). Beberapa fiturnya:

  • Mata burung simultan dan pandangan rinci genom;

  • Gulir, perbesar, tengah;

  • Lampirkan URL arbitrer ke anotasi apa pun;

  • Urutan dan tampilan trek dapat disesuaikan oleh administrator dan user akhir;

  • Cari berdasarkan ID anotasi, nama, atau komentar;

  • Mendukung anotasi pihak ketiga menggunakan format GFF;

  • Pengaturan tetap ada di seluruh sesi;

  • dump DNA dan GFF;

  • Konektivitas ke database yang berbeda, termasuk BioSQL dan Chado;

  • Dukungan multi-bahasa;

  • pemuatan fitur pihak ketiga;

  • Arsitektur plug-in yang dapat disesuaikan (misalnya menjalankan BLAST, membuang & mengimpor banyak format, menemukan oligonukleotida, mendesain primer, membuat peta pembatasan, mengedit fitur).

Ada tiga cara untuk menginstal gbrowse di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal gbrowse Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal gbrowse menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install gbrowse

Instal gbrowse Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal gbrowse menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install gbrowse

Instal gbrowse Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal gbrowse menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install gbrowse

Cara Menghapus instalan gbrowse di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket gbrowse kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove gbrowse

Copot pemasangan gbrowse Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall gbrowse dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove gbrowse

Hapus Konfigurasi dan Data gbrowse

Untuk menghapus konfigurasi dan data gbrowse dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge gbrowse

Hapus konfigurasi gbrowse, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi gbrowse , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge gbrowse

Referensi

  • situs web gbrowse

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal gbrowse di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.