Cara Memasang perban di Debian 11


Cara Memasang perban di Debian 11

Dalam tutorial ini kita belajar cara memasang bandage di Debian 11. bandage adalah Aplikasi Bioinformatika untuk Menavigasi Grafik Perakitan De novo dengan Mudah

pengantar

Dalam tutorial ini kita belajar cara memasang bandage di Debian 11.

Apa itu perban?

Bandage adalah program GUI yang memungkinkan user untuk berinteraksi dengan grafik perakitan yang dibuat oleh assembler de novo seperti Velvet, SPAdes, MEGAHIT dan lain-lain.. Grafik perakitan de novo tidak hanya berisi contig yang dirakit tetapi juga koneksi antara contig tersebut, yang sebelumnya tidak mudah diakses. Perban memvisualisasikan grafik perakitan, dengan koneksi, menggunakan algoritma tata letak grafik. Node dalam grafik yang digambar, yang mewakili contigs, dapat secara otomatis diberi label dengan ID, panjang, atau kedalamannya. Pengguna dapat berinteraksi dengan grafik dengan memindahkan, memberi label, dan mewarnai node. Informasi urutan juga dapat diekstraksi langsung dari penampil grafik. Dengan menampilkan koneksi antar contigs, Bandage membuka kemungkinan baru untuk menganalisis dan meningkatkan de novo assemblies yang tidak mungkin dilakukan hanya dengan melihat contigs.. Informasi lebih lanjut dan tautan downloadan ada di situs web Perban: rrwick.github.io/Bandage. Paket ini relevan dengan bidang perakitan genom.

Ada tiga cara untuk memasang bandage di Debian 11. Kita bisa menggunakan apt-get, apt dan aptitude. Pada bagian berikut kami akan menjelaskan masing-masing metode. Anda dapat memilih salah satunya.

Instal perban Menggunakan apt-get

Perbarui database apt dengan apt-get menggunakan perintah berikut.

sudo apt-get update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal perban menggunakan apt-get dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt-get -y install perban

Pasang perban Menggunakan apt

Perbarui database apt dengan apt menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal perban menggunakan apt dengan menjalankan perintah berikut:

sudo apt -y install perban

Pasang perban Menggunakan aptitude

Jika Anda ingin mengikuti metode ini, Anda mungkin perlu menginstal aptitude terlebih dahulu karena aptitude biasanya tidak diinstal secara default di Debian. Perbarui database apt dengan aptitude menggunakan perintah berikut.

sudo apt update

Setelah memperbarui database apt, Kita dapat menginstal perban menggunakan aptitude dengan menjalankan perintah berikut:

sudo aptitude -y install perban

Cara Menghapus Perban di Debian 11

Untuk menghapus hanya paket perban kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get remove perban

Copot perban Dan Dependensinya

Untuk meng-uninstall bandage dan dependensinya yang tidak lagi dibutuhkan oleh Debian 11, kita bisa menggunakan perintah di bawah ini:

sudo apt-get -y autoremove perban

Hapus Konfigurasi dan Data perban

Untuk menghapus konfigurasi bandage dan data dari Debian 11 kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y purge perban

Hapus konfigurasi perban, data, dan semua dependensinya

Kita dapat menggunakan perintah berikut untuk menghapus konfigurasi bandage , data dan semua dependensinya, kita dapat menggunakan perintah berikut:

sudo apt-get -y autoremove --purge perban

Referensi

  • situs perban

Ringkasan

Dalam tutorial ini kita belajar cara menginstal perban di Debian 11 menggunakan alat manajemen paket yang berbeda seperti apt, apt-get dan aptitude.

Author: Zugul Malakiano