Cara Menghitung Panjang Fragmen DNA

Ketika harus mengukur panjang fragmen DNA, yang jauh lebih kecil dari sel, ahli mikrobiologi membutuhkan trik, dan yang paling mudah adalah elektroforesis gel. Metode ini bergantung pada fakta bahwa fragmen DNA bermuatan, dan ini adalah metode alternatif yang lebih mahal, seperti kristalografi sinar-X, yang bertanggung jawab atas penemuan struktur heliks ganda DNA.

Bagaimana Elektroforesis Gel Bekerja

Karena molekul DNA bermuatan, mereka terpengaruh oleh arus listrik. Bila Anda menyetelnya dalam gel netral dan letakkan arus pada gel, molekul bermigrasi ke arah elektroda positif (anoda). Karena molekul DNA dengan ukuran berbeda membawa muatan yang sama, yang lebih kecil bergerak lebih cepat, jadi proses ini memisahkan molekul menjadi pita yang dapat dibandingkan dengan sampel dengan ukuran yang diketahui.

Prosedur Dasar Elektroforesis

Gel biasanya dibuat dari agarosa, polisakarida yang bila dipanaskan dalam larutan penyangga membentuk gel semi padat dan sedikit berpori. Di satu sisi, gel membentuk lekukan kecil yang disebut sumur dimana peneliti menempatkan sampel DNA yang diteliti, bersama dengan sampel referensi dari panjang yang diketahui, yang disebut tangga DNA. Panjang fragmen tangga telah ditentukan sebelumnya dengan metode lain, seperti kristalografi sinar-X.

Loading...

Ketika gel direndam dalam larutan konduksi dan voltase diterapkan, fragmen mulai bermigrasi melalui gel – yang lebih kecil terlebih dahulu dan yang lebih besar akan lebih lambat. Mereka akhirnya membentuk diri mereka menjadi pita-pita mirip spektrum sesuai ukuran.

Loading...

Setelah ini terjadi, peneliti mematikan daya, menanamkan gel dengan pewarna pengikat DVA dan memeriksa spesimen di bawah sinar ultraviolet. Dengan menggunakan untai sebagai referensi, peneliti dapat menentukan ukuran masing-masing fragmen pada pita yang terlihat. Hanya pita yang terlihat – fragmen DNA individual terlalu kecil untuk dilihat.

Menentukan Panjang Fragmen Tak Dikenal

Kemungkinan tidak setiap pita sampel berpasangan dengan sebuah pita pada tangga, jadi untuk menentukan ukuran fragmen yang tidak diketahui ini, ilmuwan biasanya merencanakan sebuah grafik. Pada sumbu x adalah jarak yang ditempuh oleh masing-masing pita di tangga dalam milimeter, sedangkan pada sumbu y adalah ukuran masing-masing pita. Bila titik-titik dihubungkan oleh sebuah kurva, ukuran pita apapun dapat diekstrapolasi dari kurva setelah mengukur jarak yang ditempuh oleh pita dalam milimeter.

Loading...

Leave a Reply

Your email address will not be published. Required fields are marked *